پژوهش در زمینه آمایش سرزمین از دیدگاه زیست‌محیطی و مخاطرات طبیعی با توجه به فراوانی بلایای طبیعی از جمله فرونشست، سیل، بهمن، رانش زمین، سنگ‌افت، زمین‌لرزه، گرد و غبار و ... به منظور کاهش آسیب‌پذیری جامعه، عدم اتلاف منابع مالی بر پایه تهیه نقشه­ های زمین‌شناسی مهندسی و پهنه‌بندی خطر و سرعت بخشیدن به این پروژه­ها است که یکی از دیگر فعالیت ­های مهم این سازمان است.

لازم به توضیح است یکی از  نقش‌های کلیدی سازمان­های زمین‌شناسی در دنیا منشایابی و پایش مخاطرات طبیعی در کشورها و همکاری با سایر دستگاه­ها در حوزه مهار و مقابله است که متاسفانه در کشور ما وجود ساختارهای گوناگون و موازی در حوزه مخاطرات موجب کاهش بازدهی این فرآیند شده‌است که می‌بایست مورد بازنگری جدی در ساختار اداری و برنامه‌ریزی کشور واقع شود.

با توجه به اینکه سازمان زمین شناسی و اکتشافات معدنی کشور، رسالت اصلی خود را در زمینه تولید ثروت ملی، حفظ و نگهداری آن و  ایجاد اشتغال پایدار و توانمندسازی بخش خصوصی قرار داده است، از این رو تهیه نقشه ­های مخاطرات در شناخت سرزمینی در حوزه مخاطرات طبیعی، جانمایی شهرها، مسائل مرتبط با بحران مهندسی و زیست محیطی، شناسایی مخاطرات مرتبط با راه ­ها و شریان­ های ارتباطی حائز اهمیت است.